Nina

Dra. Carmen Nina Pastor Colón

Profesor-Investigador
Laboratorio de Dinámica de Proteínas y de Ácidos Nucleicos
Categoría: Titular C - SNI: Nivel II
Formación académica: 
Licenciatura en Investigación Biomédica Básica, UNAM, México, 1992;
Doctorado, Mount Sinaí School of Medicine of the City University of New York, EUA, 1997
Email: nina@uaem.mx
Tel: +52 (777) 3297000 ext. 3289
+52 (777)3297020

           

  1. Prospección de fármacos dirigidos contra la proteína de unión a cajas TATA (TBP).
  2. Identificación de regiones de reconocimiento molecular en proteínas intrínsecamente desordenadas.
  1. Palacios-Can FJ, Silva-Sánchez J, León-Rivera I, Tlahuext H, Pastor N, Razo-Hernández RS. 2023. Identification of a Family of Glycoside Derivatives Biologically Active against Acinetobacter baumannii and Other MDR Bacteria Using a QSPR Model. Pharmaceuticals (Basel). 16(2):250. doi: 10.3390/ph16020250.
  2. Yadira Meunier-Carmenate, Gilberto Valdés-García, Roberto Maya-Martinez, Leidys French-Pacheco, Arline Fernández-Silva, Yoselin González-Onofre, Cesar Millan-Pacheco, Nina Pastor, Carlos Amero. 2023. Unfolding and Aggregation Pathways of Variable Domains from Immunoglobulin Light Chains. Biochemistry 1000-1011 DOI: 10.1021/acs.biochem.2c00704.
  3. Meléndez-Zempoalteca, A., Juárez-González, V.R., Rudiño-Piñera, E. et al. 2022. Antivenom Derived from the Ct1a and Ct17 Recombinant Toxins of the Scorpion Centruroides tecomanus. Int J Pept Res Ther 28, 133. https://doi.org/10.1007/s10989-022-10439-5
  4. Ortega-Rojas,M.A., Castillo,E., Razo-Hernandez,R.S., Pastor,N., Juaristi,E., Escalante,J. 2021. Effect of the Substituent and Amino Group Position on the Lipase-Catalyzed Resolution of γ-Amino Esters: A Molecular Docking Study Shedding Light on Candida antarctica lipase B Enantioselectivity. European Journal of Organic Chemistry, (34), 4790-4802.
  5. Lugo-Reyes SO, Pastor N, González-Serrano E, Yamazaki-Nakashimada MA, Scheffler-Mendoza S, Berron-Ruiz L, Wakida G, Nuñez-Nuñez ME, Macias-Robles AP, Staines-Boone AT, Venegas-Montoya E, Alaez-Verson C, Molina-Garay C, Flores-Lagunes LL, Carrillo-Sanchez K, Niemela J, Rosenzweig SD, Gaytan P, Yañez JA, Martinez-Duncker I, Notarangelo LD, Espinosa-Padilla S, Cruz-Munoz ME. 2021. Clinical Manifestations, Mutational Analysis, and Immunological Phenotype in Patients with RAG1/2 Mutations: First Cases Series from Mexico and Description of Two Novel Mutations. J Clin Immunol. 41(6):1291-1302.
  6. Vargas-Jaimes, L., Rodriguez, M.C., Argotte-Ramos, R. et al. 2021. Recombinant C-Terminal Domains from Scorpine-like Peptides Inhibit the Plasmodium berghei Ookinete Development In Vitro.  Int J Pept Res Ther 27, 817–829.
  7. Beltrán-Vidal J, Carcamo-Noriega E, Pastor N, Zamudio-Zuñiga F, Guerrero-Vargas JA, Castaño S, Possani LD, Restano-Cassulini R. 2021. Colombian Scorpion Centruroides margaritatus: Purification and Characterization of a Gamma Potassium Toxin with Full-Block Activity on the hERG1 Channel. Toxins (Basel). 13(6):407.
  8. Vargas-Jaimes, L., Rodriguez, M.C., Argotte-Ramos, R. et al. 2020. Recombinant C-Terminal Domains from Scorpine-like Peptides Inhibit the Plasmodium berghei Ookinete Development In Vitro. International Journal of Peptide Research and Therapeutics.
  9. Díaz-Peralta L, Razo-Hernández RS, Pastor N, Santiago A, Guevara Salazar JA, Fernández Zertuche M. 2020. 1,4-Disubstituted-1,2,3-triazole GABA Analogues: Synthesis, In Vitro Evaluation, Quantum QSAR and Molecular Docking against Pseudomonas fluorescens GABA-AT. ChemistrySelect.
  10. Santiago A, Razo-Hernández RS, Pastor N. 2020. Revealing the Structural Contributions to Thermal Adaptation of the TATA-Box Binding Protein: Molecular Dynamics and QSPR Analyses. Journal of Chemical Information and Modeling.
  11. Angel E. Pelaez-Aguilar, Gilberto Valdes-García, Leidys French-Pacheco, Nina Pastor, Carlos Amero, and Lina Rivillas-Acevedo. 2020. Site-Specific Interactions with Copper Promote Amyloid Fibril Formation for λ6aJL2-R24G. ACS Omega. 5, 7085−7095.
  12. Hernández-Segura T, Pastor N. 2020. Identification of an αâ'MoRF in the Intrinsically Disordered Region of the Escargot Transcription Factor. ACS Omega. 5(29), pp. 18331–18341.
  13. Maldonado-Santiago, M., Santiago, Á., Pastor, N. et al. 2020. Isatin derivatives as DNA minor groove-binding agents: a structural and theoretical study. Structural Chemistry, 31(4), pp. 1289–1307.
  14. Ramirez-Ramirez, J.; Martin-Diaz, J.; Pastor, N.; Alcalde, M.; Ayala, M. 2020. Exploring the role of phenylalanine residues in modulating the flexibility and topography of the active site in the peroxygenase variant pada-i. International Journal of Molecular Sciences, 21(16), pp. 1–15, 5734.
  15. Dávila-Ramos Sonia, Castelán-Sánchez Hugo G., Martínez-Ávila Liliana, Sánchez-Carbente María del Rayo, Peralta Raúl, Hernández-Mendoza Armando, Dobson Alan D.W., González Ramón A., Pastor Nina, Batista-García Ramón Alberto. 2019. A Review on Viral Metagenomics in Extreme Environments.  Frontiers in Microbiology. 10:2403.
  16. Martínez-Campos Zuleyma, Pastor Nina, Pineda-Urbina Kayim, Gómez-Sandoval Zeferino, Fernández-Zertuche Mario, Razo-Hernández Rodrigo Said. 2019. In silico structure‐based design of GABA B receptor agonists using a combination of docking and QSAR. Chem Biol Drug Des. Oct;94(4):1782-1798.
  17. Maya-Martínez Roberto, French-Pacheco Leidys, Valdés-García Gilberto, Pastor Nina, Amero Carlos. 2019. Different Dynamics in 6aJL2 Proteins Associated with AL Amyloidosis, a Conformational Disease. Int J Mol Sci. Sep; 20(17): 4078.
  18. Meléndez-Aranda Lennon, Jaloma-Cruz Ana Rebeca, Pastor Nina, Romero-Prado Marina María de Jesús. 2019. In silico analysis of missense mutations in exons 1–5 of the F9 gene that cause hemophilia B. BMC Bioinformatics 20: 363.
  19. Tejera Berto, López Raúl E., Hidalgo Paloma, Cárdenas Reinier, Ballesteros Grisel, Rivillas Lina, French Leidys, Amero Carlos, Pastor Nina, Santiago Ángel, Groitl Peter, Dobner Thomas, González Ramón A. 2019. The human adenovirus type 5 E1B 55kDa protein interacts with RNA promoting timely DNA replication and viral late mRNA metabolism. PLoS One; 14(4): e0214882.
  20. Santiago Ángel, Razo-Hernández Rodrigo Said, Pastor Nina. 2019. The TATA‐binding Protein DNA‐binding domain of eukaryotic parasites is a potentially druggable target. Chem Biol Drug Des. 00:1-20 Sep 30.
  21. Cristóbal-Mondragón Gema, Lara-Chacón Bárbara, Santiago Ángel., De-la-Rosa Victor, González-González Rogelio, Muñiz-Luna Julio A., Ladrón-de-Guevara Ernesto, Romero-Romero Sergio, Rangel-Yescas Gisela E., Fernández Velasco Daniel Alejandro, Islas León D., Pastor Nina, Sánchez-Olea Roberto, Calera Mónica R. 2019. FRET‐based analysis and molecular modeling of the human GPN‐loop GTPases 1 and 3 heterodimer unveils a dominant‐negative protein complex. The FEBS Journal. July 12.
  22. Rodríguez-Lozada Josué, Tovar Gudiño Erika, Guevara-Salazar Juan Alberto, Razo-Hernández Rodrigo Said, Santiago Ángel, Pastor Nina, Fernández-Zertuche Mario. 2018. QSAR and Molecular Docking Studies of the Inhibitory Activity of Novel Heterocyclic GABA Analogues over GABA-AT. Molecules. Nov; 23(11): 2984.
  23. Velázquez-López Isabel, Valdés-García Gilberto, Romero Romero Sergio, Maya Martínez Roberto, Leal-Cervantes Ana I., Costas Miguel, Sánchez-López Rosana, Amero Carlos, Pastor Nina, Fernández Velasco D. Alejandro. 2018. Localized conformational changes trigger the pH-induced fibrillogenesis of an amyloidogenic λ light chain protein. BBA- General Subjects 1862: 1656-1666.
  24. Tovar-Herrera Omar E., Rodríguez Mabel, Olarte-Lozano Miguel, Sampedro-Guerrero Jimmy Andrés, Guerrero Adán, Pinto-Cámara Raúl, Alvarado-Affantranger Xóchitl, Wood Christopher D., Moran-Mirabal Jose M., Pastor Nina, Segovia Lorenzo, Martínez-Anaya Claudia. 2018. Analysis of the Binding of Expansin Exl1, from Pectobacterium carotovorum, to Plant Xylem and Comparison to EXLX1 from Bacillus subtilis. ACS Omega, 3, 7008−7018.
  25. Avelar Mayra, Pastor Nina, Ramirez-Ramirez Joaquin, Ayala Marcela. 2018. Replacement of oxidizable residues predicted by QM-MM simulation of a fungal laccase generates variants with higher operational stability. Journal of Inorganic Biochemistry 178: 125-133.
  26. Tovar-Gudiño Erika, Guevara-Salazar Juan Alberto, Bahena-Herrera José Raúl, Trujillo-Ferrara José Guadalupe, Martínez-Campos Zuleyma, Razo-Hernández Rodrigo Said, Santiago Ángel, Pastor Nina, Fernández-Zertuche Mario. 2018. Novel-Substituted Heterocyclic GABA Analogues. Enzymatic Activity against the GABA-AT Enzyme from Pseudomonas fluorescens and In Silico Molecular Modeling. Molecules. May; 23(5): 1128.
  1. Ambriz-Rivas, M., Pastor, N., and del Río, G. “Relating protein structure and function through a bijection and its implications on protein structure prediction.” Protein Interactions, Chapter 18, 349-368, (2012) Intech, Jianfeng Cai and Rohgsheng E. Wang, Editors.
  2. Pastor Nina, Weinstein Harel. 2001. Chapter 10 - Protein-DNA interactions in the initiation of transcription: The Role of Flexibility and Dynamics of the TATA Recognition Sequence and the TATA Box Binding Protein. Theoretical and Computational Chemistry, Vol. 9. 377-407.
  3. Pastor Nina, Pardo Leonardo, Weinstein Harel. 1998. How the TATA Box Selects Its Protein Partner. Molecular Modeling of Nucleic Acids Chapter 20, pp 329–345.
  1. Nina Pastor. “Proteínas con múltiples personalidades” Quiu Revista (http://quiurevista.com), octubre 2018.
  2. Carmen Nina Pastor Colón. “No es lo mismo Acabo que Caoba” Hypatia 47: (Julio – septiembre 2014).
  3. Nina Pastor Colón y Federico Vázquez Hurtado. “Por qué o para qué ser científico Parte 2” La Unión de Morelos, 15 de julio de 2013.
  4. Nina Pastor Colón y Federico Vázquez Hurtado. “Por qué o para qué ser científico Parte 1” La Unión de Morelos, 8 de julio de 2013.
  5. Nina Pastor Colón. “El tiempo pasa … enfermedades de plegamiento”. Hypatia 40:26-27 (octubre – diciembre 2011).
  6. Pastor Colón, Nina, Fernández Velasco, Daniel Alejandro. “El paisaje conformacional de un dominio de inmunoglobulina explorado con dinámica molecular”. Mensaje Bioquímico 35:53-66 (2011).
  7. Nina Pastor Colón y D. Alejandro Fernández Velasco. “Estudio de las rutas de (des)plegamiento de proteínas usando la computadora como microscopio molecular”. Introducción a la Física Biológica. pp 279-315. El Colegio Nacional (2010). L. García-Colín Scherer, L. Dagdug, M. Picquart, E. Vázquez, Editores. ISBN: 978-607-7630-77-7.
  8. C. Millán-Pacheco y N. Pastor Colón. “Competencia entre la lectura directa e indirecta en la interacción proteína-ADN” La Física Biológica en México: Temas Selectos. pp 323-338. El Colegio Nacional (2006).  L. García-Colín Scherer, L. Dagdug, P. Miramontes, A. Rojo, Editores. ISBN: 970-640-317-5.
  9. N. Pastor. “¿Qué hace un biofísico? Revista Inventio (UAEM), Año 1 (2), 59-68 (2005).
Licenciatura:
  1. Diana Soto Albarrán. Efecto de la fosforilación sobre la estructura residual de la región desordenada C-terminal de E1B 55K.  Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular), UAEM. 18 de agosto 2017.
  2. Diego Sebastián Granados Villanueva. Diseño computacional de barriles transmembranales compuestos por dominios de inmunoglobulinas vinculados a Amiloidosis de Cadena Ligera. Ingeniería Biotecnológica, IPN Campus Guanajuato. 23 de junio 2017.
  3. Marco Antonio Ramírez Martínez. Modelo de la estructura residual en el extremo N-terminal desordenado de la proteína adenoviral E1B55kDa.  Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular), UAEM. 22 de junio 2017.
  4. Mitzi Vanessa Antúnez Barrera. Consecuencias dinámicas y estructurales de mutantes que alteran la estabilidad de CRABP1.  Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular), UAEM. 23 de septiembre 2016.
  5. Erika Valeria Velázquez Gómez. Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular), UAEM. Eventos tempranos en la formación de cataratas: modelos moleculares de agregación de cristalinas en estado nativo. En proceso.
Maestría:
  1. Marco Antonio Ramírez Martínez. Equivalencia de los efectos de la mutación a aspartato y la fosforilación en serinas y treoninas en la estructura y dinámica de regiones intrínsecamente desordenadas de proteínas. Posgrado en Ciencias, UAEM.
  2. Liliana Martínez Ávila. Intermediarios de desplegamiento de dominios variables de cadena ligera de la clase lambda 3r. Posgrado en Ciencias, UAEM. 7 de diciembre 2016.
  3. José Ángel Santiago Terrones. Mecanismos moleculares de adaptación a distintas temperatura en la TBP. Posgrado en Ciencias, UAEM. 4 de agosto de 2015.
Doctorado:
  1. Co-dirección de tesis de Liliana Martínez Ávila. Análisis del proteoma de Aspergillus sydowii like crecido en benzo(a)pireno y fenantreno en condiciones hipersalinas. Posgrado en Ciencias, UAEM. En proceso.
  2. Teresa Hernández Segura. Estructura residual en la región intrínsecamente desordenada de la proteína Escargot y sus implicaciones funcionales. Posgrado en Ciencias, UAEM.
  3. José Ángel Santiago Terrones. Caracterización de la superficie molecular de TBPs de parásitos de humanos y de sus vectores, hacia la identificación de sitios para diseño o repropósito de fármacos. Posgrado en Ciencias, UAEM. En proceso.
  4. Co-dirección de tesis de Monika Swiniarska. A computational model of molecular mechanism behind the half-the-sites activity of thymidylate synthase.  Facultad de Química, Universidad de Varsovia. 6 de septiembre 2017.
  5. Gilberto Valdés García. Identificación de los intermediarios de plegamiento de dominios variables de cadena   ligera, de la clase lambda 6a, responsables de la formación de fibras amiloides. Posgrado en Ciencias, UAEM. 28 de junio 2017.
  6. Marco Antonio Ramírez Martínez. Posgrado en Ciencias, UAEM. Determinantes estructurales y dinámicos de la unión selectiva de la recombinasa Cre a su sitio blanco. En proceso.